Las 2 formas "yo te "habría" podido ayudar" y "yo podría haberte ayudado" son perfectamente correctas y, con pequeños matices, intercambiables.
Que construyas la perífrasis con CONDICIONAL COMPUESTO+INFINITIVO SIMPLE o con CONDICIONAL SIMPLE+INFINITIVO COMPUESTO no implica apenas diferencia y ambas siguen siendo frases de condicional.
Además, creo que en este caso la traducción del verbo como condicional es correcta, porque aunque la frase comienza después de un punto seguido tiene un "antecedente" (por llamarlo así) en la frase anterior:
